根曲邦活佛，还在母腹中的时候，祖古根曲邦就被母亲许诺供养给至尊空行母门措上师出家。他出生在1985年10月1日的清晨，中午时分，爷爷带着这个襁褓中的婴儿离开家门，在傍晚时分到达色达喇荣五明佛学院。

法王对根曲邦活佛非常疼爱。法王不仅对仁切克尽鞠养之慈，对他的闻思修习更为重视，除了亲自传授九乘顶首法大圆满传承及灌顶外传授了各个教派法要及伏藏法，并专门选派最严格的具德上师督促他的学习，以根曲邦活佛为缘起在五明佛学院专门设立了一个“活佛班”，而根曲邦仁切就是这个班上的第一个学生。法王有一个原则就是从不认证活佛，但在商讨设立“活佛班”的事宜时，曾对活佛班堪布及别的学生谈到根曲邦仁切时说：“他是一个祖古(转世者)，事业缘起非常殊胜!我非常希望并祈愿他能将来利益许多众生，并且我自己认为他非常聪明有时候感到出乎意料的智慧，我和这个孩子生活了十几年感觉他自己有一种与生俱来的慈悲心和佛法见地一样，所以我和美珠、门措及我们全家人都对他带有一些期望，希望各位堪布及活佛严厉对待他的学习及修行。还曾在一次持明法会秘密聚会中对周围的年龙空行母及其他大德宣说了活佛的功德，因次而空行母没有圆寂前每年都会给根曲邦仁切做供养及念诵祈愿。