元朝的时候，道教各宗派逐渐融入正一、全真两道，这两派遂成当今道教两大派别。大体格局为“南正一、北全真”。作为道教两大分支，正一道和全真道有什么区别呢？首先两派创始祖师不同。正一道创始人为教祖张道陵天师，在东汉末正式创立。正一道也是最早的道教派别，也称为天师道、五斗米道，在中国历史上产生过巨大的影响。东晋时便有很多大家族“世奉五斗米道”。全真道的创始人是王重阳，拜金庸的武侠小说所赐，重阳祖师的名字也为大众所熟知。全真道是在金元时期创立的，在元朝时得到大力发展。长春真人丘处机拒绝了南宋、金两朝召见，以七十多岁高龄万里迢迢越过大雪山，接受了成吉思汗邀请。丘处机以“一言止杀”，救下了蒙古铁骑下的无数生灵，也奠定了全真教在元朝发展的根基。

第二，正一、全真两派教派传承不同，对道士修行的规定有很大的不同。正一道是上古方仙道和黄老道的继承，也有儒、墨及民间巫术等的影响。受到的都是中国传统的影响，故而正一道士可以居家修道，也可以住庙修道；正一道士可以结婚，平时可以吃荤，斋戒期间则吃素。全真道很大程度上是受到了禅宗和理学的影响，全真道士必须出家，居道观修行；全真道士不可以结婚，只能吃素，不允许吃荤。两派在服饰衣着方面也有差异，等等。第三，收录道士的方式上，正一道和全真道的做法大有差异。正一道采用授箓仪式，箓是一种颁发给受箓道士的由多种文书和符图等组合在一起的文件。这些文件有的记载天官功曹、十方神仙名位，有的是召役神使，施行法术的符图。全真道则须断绝家庭关系出家修行，要遵守的戒律自然要多，收录道士采用的是放戒仪式。明代扶持正一道，打压全真道，放戒仪式内容一度失传。在清朝时，全真道中兴之祖高道王常月称放戒仪式来自全真七真之一的丘处机，是丘处机采集道门传统戒律，仿效佛教沙弥、比丘、菩萨等三戒制度，订立了“三坛大戒”，即初真戒、中极戒和天仙大戒。通过放戒仪礼，系统学习道教戒律和道教知识，得到戒牒，才算是达到了自我修炼的一个层次，成为一名全真道士。

第四，正一、全真两道早晚功课略有不同。早晚功课是宫观道士每天早晚都要念诵的经文。像正一道早晚有念诵祖天师宝诰，其内容为“本来南土，上溯蜀都。先获黄帝九鼎之丹书，后侍老君两度于玉局。千轴得修真之要，一时成吐纳之功。法箓全成，受盟威品而结璘诀。正邪两辨，夺福庭治而化咸泉。德就大丹，道齐七政。大悲大愿，大圣大慈。三天扶教，辅玄体道。大法天师，雷霆都省。泰玄上相，都天大法主。正一冲玄神化静应显佑真君。六合无穷高明大帝，降魔护道天尊。”

全真道士念诵的是丘祖宝诰、吕祖宝诰之类。吕祖宝诰内容为：“玉清内相，金阙选仙。化身为三教之师，掌法判五雷之令。黄粱梦觉，忘世上之功名；宝剑光辉，扫人间之妖怪。四生六道，有感必孚；三界十方，无求不应；黄鹄溪头留圣迹，玉清殿内炼丹砂。存芝象于丹崖，显仙踪于玄洞。阐法门之香火，为后嗣之梯航。大圣大慈，大仁大孝。开山启教，灵应祖师。天雷上相，灵宝真人。纯阳演政警化孚佑帝君，兴行妙道天尊。”

从这两个宝诰的内容可以看出，两个宗派早晚功课经的差别，并不是教义思想上的，而是在有关宗派的起源和祖师上。并且两派在“六戊之日”都不做早晚课。

六戊日指戊子、戊寅、戊辰、戊午、戊申、戊戌六天。传说汉武帝时期，经常发生水旱、蝗虫之类的灾害。汉武帝在请到西王母下降的时候，趁机向王母娘娘请教。王母告诉他说，这是由于下民无知，在六戊之日犁田浇地，犯了阴阳之禁。并且说六戊之禁最重，无法禳解。六戊是冒犯阴阳的禁忌之日，这一天天门紧闭。道观也不举行诵经、早晚功课和仪式活动。

第五，在修炼方法上，两派大有差异。正一道重视符箓，重视“命”功即形体修炼的问题。要知道祖天师张道陵是以修炼外丹而名传后世，龙虎山的山名就是因张天师炼丹有龙虎守护而来。全真道性命双修，又以修“性”为主。“性”功主要处理精神修炼问题。丘处机曾概括全真道的修炼方法是“七分性，三分命”。

正一道和全真道，两者虽有差异，但追求得道的目标是一致的，都是中华文化的瑰宝。在清代以后，正一道和全真道的融合也越来越多，不仅表现在经典的学习上，更有道士先入正一，后入全真；或者全真道士也拜入正一道门下学习。立足本宗基础，再通过吸收彼方的长处，相信正一道和全真道都将取得更长远的发展。