元世祖至元十五年（1278年）十二月，海南岛归元朝统治。元朝先后在本岛设置众多的统治和管理机构：军政和行政机构，有海北海南道分司、乾宁军民安抚司、南建州、南宁军、万安军、吉阳军、十三县（琼山、澄迈、临高、文昌、乐会、会同、定安、宜伦、昌化、感恩、万安、陵水、宁远）；治安管理机构，有诸巡检司；军事机构的，有黎兵万户府；屯田机构，有镇守黎蛮海北海南屯田万户府、黎兵屯田万户府；营造管理机构，有海南营缮提点所；贸易管理机构，有海南博易提举司、海北海南市舶提举司等。

元代诸帝对佛教非常尊崇，时人有言：“盖佛之说行乎中国，而尊崇护卫，莫盛于本朝。”元世祖忽必烈带头崇佛，他于“万机之暇，自持数珠，课诵、施食。”1261年，下诏建立大乾元寺、龙光华严寺。1285年，“发诸卫军六千八百人，给护国寺修道。”并亲自于西京普恩寺集全国僧侣四万人举行资戒会七日，令帝师于各大寺庙做佛事十九会。1287年，命西藏僧侣在宫廷以及万寿山、五台山等地举行佛事三十三会。为了表示对佛教的支持，他曾下令免除所有对寺院田产征收的税赋，“自有天下，寺院田产，二税尽蠲免之，并令缁侣安心办道。”以此政策使僧侣安心修行。此后元朝诸帝对待佛教，大多依据世祖的范例办理。

在佛教各个宗派中，元代诸帝主要尊崇藏传佛教的喇嘛教。有元一代诸帝都“尊喇嘛为帝师，并亲自受戒。”早在成吉思汗开国时，就注重通过喇嘛教联络西藏的上层人士来巩固自己的统治。忽必烈即位后，授西藏地区僧人八思巴为帝师，不仅命他掌管全国的佛教事务，并令其统领西藏地区的政教事务，喇嘛教由此开始享有国教的地位。宣政院曾颁令：“凡民殴西僧者，截其手；骂之者，断其舌。”这些政策极大地推动了喇嘛教在全国的广泛传播。

在中央政府的支持下，元代佛教有了自宋以来最大规模的发展，据载：“世祖建大宣文弘教寺，赐永业，当时已号虚费。而成宗复构天寿永宁寺，较之世祖，用增倍半。若武宗之崇恩福元，仁宗之乘华普庆，租榷所入，益又甚焉。英宗凿山开寺，损兵折农，而卒无益。”这种大量建造佛寺院和大规模赐田的风气，在元代几乎没有中断过。其结果是：“凡天下人迹所到，精蓝胜观，栋宇相望。”精蓝就是指佛寺、僧舍，这样的说法或许带有夸张的成分，但仍在一定程度上描述了佛教当时发展的壮观局面。在中央政策的影响下，这一时期的海南岛佛教也呈现出一定的兴盛局面。

此外，元代佛教的民间化比宋代又有了进一步的发展，佛教建筑的建造与修缮受到了民间的广泛支持和参与。元代12座塔建筑，其中6座塔全部为民间建造，雷顺塔虽为僧人无我化缘所建，但“化缘”从严格意义上来说，也是民间支持的结果。除佛塔外，澄迈的辑瑞庵由乡人陈道叙所建，临高的大海庵、地藏超度堂分别由乡人符真琚、王绵老所建。由此得知，元代海南岛佛教信仰在民间传播扩大，信奉佛教的人也越来越多，其民间化继宋朝进一步加强。

文宗即位后，非常感念海南之地保佑他生还，于是拨巨资兴建大兴龙普明寺。据载：天历元年（1328年），创大龙兴普明寺于海南，置规运提点所，设官六员。二年，拨隶龙祥总管府。三年，改为都司，品秩仍旧，以掌营造出纳钱粮之事，定置达鲁花赤、司令、大使、副使各一员，知事一员，提控案牍一员。至顺元年（1330年），赐钞万锭，市永业地。从上述史料可以看出，元文宗对修建大兴龙普明禅寺非常重视，在人力、财力和物力上都给予了极大的支持。关于其建寺的地点，据《康熙广东通志.琼州府》记载：“元至治元年辛酉，文宗潜邸于城南，创观音阁，及还，戊辰即位，赐名大兴龙普明禅寺，置规运提点所，设官六员。”文宗当年谪居在海南的琼州城南，那时文宗已建有一小佛寺即观音阁，可以说观音阁就是大兴龙普明禅寺的前身。

大兴龙普明寺建成后，堪称当时海南佛教建筑之最，“其规模雄丽，冠于岭海。”朝廷当时还特命学士虞集为此寺撰文，即《大龙兴普明禅寺碑铭》，元文宗亲授口谕，命刻碑上，至今仍然保存。碑铭上记载：“朕于是覃思以求，岂非上天垂佑，祖宗洪庥而致然与？乃捐金鸠工，即琼阳之胜地，建释氏之精蓝，以答天地祖宗昭贶，以介福于太皇太后，又以绥保其民人焉……朕虽未尝躬落其成，而想见其处，常往来于怀也。临御之始，慨念畴昔，因赐名曰‘大龙兴普明禅寺’。其记朕意，托诸金石，俾示悠久。”口谕明确表示，元文宗建造普明寺除了答谢祖宗显灵，还希望以此保佑海南的民众，字里行间洋溢着对海南的深厚感情。

此外，元文宗在海南期间，曾修建多处佛教建筑，如寿佛堂、观音阁、延寿堂等，加上其本人信仰佛教，这些都对海南佛教的发展起了促进作用。总的来说，元文宗为佛教在海南的传播和发展做出了较大的贡献。遗憾的是，至明代，规模雄丽的大兴龙普明寺竟然废毁，其遗址今也无存。鉴于元朝皇帝都尊崇藏传佛教和该寺废毁于明代，看来该寺属于藏传佛教寺院，而非汉传佛教寺院。