云门寺在粤北乳源瑶族自治县城东北6公里的云门山下，有一座千年名刹，这便是佛教禅宗“云门宗”的发源地--云门山大觉禅寺。

佛教文化自东汉灵帝建宁中(168年-172年)，由安息国高僧安世高云游会稽，弘传佛教，经过三国、西晋的初步传播，后从东晋、南北朝延续至隋唐、宋元、明清近二千年，平水一度成为浙东传播佛教的中心。这里古刹云集如林，宗派祖庭争相宏宗立说，大德高僧代代呈现，帝王将相不断赏物赐额，骚客名流诗歌咏呤无数。厚重的佛教文化成为平水传统文化的重要一目。云门书法胜地，历来为文人所重，风景名胜甲于越中。唐人有"越山千万云门绝"之吟叹。寺前青嶂，矗如列屏。秋如万重，灿若 褥绣。若耶溪绕门而过;秦望山据背在上。唐宋几乎所有有名的诗人都来过云门寺。

云门寺始建于东晋义熙三年(公元407)。隋、唐、五代十国、宋、元、明、清、民国,迄今已有1700多年历史了,可谓华夏最悠久的古刹之一。据史书记载:晋代大书法家王献之曾于此隐居，云门寺本为中书令王献之(王羲之的第七个儿子)的旧宅，传说王献之曾舍宅为寺。安帝义熙三年(407)某夜王献之在秦望山麓之宅处其屋顶忽然出现五彩祥云，王献之将此事上表奏帝，晋安帝得知下诏赐号将王献之的旧宅改建为"云门寺"，门前石桥改名"五云桥",高僧帛道猷居之，竺法旷、竺道壹先后招之。《嘉泰会稽志》中记载"王献之云门山旧居，诏建云门寺。"又明万历《会稽志》卷十六元虞集撰《云门寺记》云:"寺本中书令王献之旧宅"。唐代，云门寺高僧荟萃。建中间(780-783)，高僧灵澈禅师在云门寺撰著《律宗引源》二十七卷，佛教禅宗六祖慧能在曹溪说法，云门寺高僧善现住持事之。唐会昌年间(841~846)云门寺遭到会昌之难而毁废，当时只剩下面南一小殿未毁，因附益以为寺，即广孝寺。至唐宣宗大中六年(公元852年)观察使李褒奏重建。然非复旧址，赐号大中拯迷寺。后于寺西建忏堂，号净名庵。

宋太祖乾德六年(公元968年)将其中一部分(显圣院)复名为云门寺。宋雍熙三年(986)赐名雍熙院。宋太宗淳化五年(公元994年)改"拯迷寺"为"淳化寺"。后周显德二年(955)于拯迷寺石壁峰前建看经院。宋至道二年(996)改名显圣院。旧云门寺老宿所栖庵亦于熙宁二年(1069)赐名寿圣寺。其时云门寺已一裂为四。南宋绍兴十四年(1144)，高宗为云门广孝寺题"传忠广孝之寺"，中间又题小字云:"赐传忠广孝寺"。广孝寺前，有宋高宗书"传忠广孝之寺"碑额，碑高丈余。寺有弥陀道场，杭僧元照书额。(另有"南宋度宗咸淳年间(1266-1274)曾改名为"传忠广孝寺"之说。)寺后废。明熹宗天启三年(公元1623年)僧福坤偕献之裔孙于旧址募资重修，僧雪峤任住持。又恢复云门寺的旧名，并一直沿用至今。崇祯十一年(1638)，会稽籍高僧弘礼住云门寺，"刀耕火种，有古德风"，著语录30卷。云门寺在明末称曹洞中兴道场。云门一系，自湛然(圆澄)以后，其势力颇足，与临济宗的天童一系相颉顽。时云门广孝寺、显圣寺法席大振，威震江南。清初，平水佛教进入高层次的理论研究，高僧、名僧层出不穷，湛然门下出石雨(明方)、三宜(明盂)、瑞白(明雪)。当时，继席云门显圣寺的均为有名宗匠，明方门下的远门净柱，位中净符，明盂门下的狼亭净挺、西遁净超，明雪门下的百愚净断等，都是很有名的禅宿、有语录行世。1586-1676年，临济宗禅宿高僧道忞，奉诏敕建平阳寺，建阁七楹，其血书法华经全部，堪称佛门珍品。清顺治十七年(1661)，赐帑银五百两，重修云门寺塔。后毁。建国初，寺内尚存佛像，有宗教活动。

辛亥革命后，平水佛教寺院每况愈下。抗日战争时，平水寺院遭日寇蹂躏，寺毁僧散。解放以后，又一些寺院被毁，云门寺年久失修，湮于榛莽之中。佛像被毁，寺屋改作他用。今尚存广孝寺部分殿宇 及碑文。1986年后，当地信教群众募款重建，重塑佛像，恢复宗教活动。寺内尚存明代"募修云门寺疏碑. 至目前，平水还保留云门寺的部分。