《仁学》本来是谭嗣同应友人邀请为佛教而作，他把佛学提高到古今中外“群学群教”之首，认为“佛教大矣，孔次大、耶为小”，谭氏甚至认为“西学皆源于佛学”。这些论断表明了佛学对谭嗣同“仁学”思想的形成起到了至关重要的作用。《仁学》一书包含着的丰富的宗教思想，其思想体系受到了佛学的深刻影响。谭嗣同受佛学界人士的影响颇深，特别是在杨文会的指点下，谭氏苦心研究佛学，常昼夜诵念佛经，钻研佛学教义。他希望从佛教教义中找到济世救民的良方，来实现他大同世界的理想。

《仁学》中关于佛学的论述比比皆是。如他用佛学观点解释“仁”，称“仁为天地万物之源。故唯心，故唯识”。这种观点无疑是受到佛教“三界唯心”、“万法唯识”的影响。谭嗣同“仁—通”的思想也有佛教的影子，佛教观念的“无人相。无我相”与谭嗣同的“人我通”思想是一致的，其要旨都是要消除人与人之间的“对待”，从而实现“人我”平等。谭嗣同的“心力”说也来源于佛学的“三界惟心”说。他说“一切惟心所造”，认为“心力”可以改变世道人心。他还进一步将“心力”分为“愿心”和“机心”，认为“愿心”可以改变“机心”。他所讲的“愿心”就是佛家所称的“愿力”，也就是佛学的“慈悲”之心。

“慈悲”意味着众生平等，没有贫富贵贱之分。谭嗣同充分挖掘佛学“慈悲”、“普度众生”观念的积极因素，将它融入“仁学”思想体系当中，使“仁学”成为一个独特的救世济民之学。 “仁学”思想不仅接纳了儒、佛思想，还融入了墨子、老庄、管子等先秦诸子百家之学。谭嗣同尤为推崇墨家之学，在该书《序言》中，他称赞墨学“能调燮联融于孔耶之间”。谭嗣同醉心于墨家的“兼爱”，谓其“近合孔、耶，远探佛法，亦云汰矣”。 墨子的思想集中体现在“兼相爱，交相利”这一点上，“兼”表明爱的对象是“整体”和“全部”的。因此，“兼爱”是对普天下人之爱，无等差之爱，“兼爱”思想是谭嗣同“仁学”平等思想的重要理论来源。

至于庄子的思想，在《仁学》中，则有庄子的“道通为一”为“最为浑括”之语，此外谭嗣同多次将庄子的“逍遥”、“齐物”思想引入《仁学》，用于解释他的自由平等观。谭嗣同对管子的“转败为功”、“人弃我取”以及“因祸为福”等思想十分推崇，谓其“天下之至巧”。 十九世纪中叶正是旧学新学的交替时期，西学东渐逐渐动摇了传统儒学的主体地位，诸子之学从而得到了重视，将西方先进文化和科技比赋予诸子百家之学，是晚清思想界的一个普遍现象。谭嗣同积极学习西方的先进文明成果，充分挖掘了中国传统文化中与西学类似之处，从而使得“仁学”思想超越了前人和同时代许多的许多思想家。

从鸦片战争失败起，以老大帝国自居的封建王朝逐渐走上了腐朽没落之路。内忧外患的严峻形势使一部分先进的知识分子开始意识到中国在各个方面的落后，产生了向西方学习的热潮。一些近代自然科学和资产阶级社会学的新成就，如“以太说”、“细胞学”、“星云说”、“进化论”、“民权说”使他们开阔了视野，意识到了变法图强的重要性。

谭嗣同接触西学始于与好友唐常才在武昌时期。他通过大量阅读当时上海江南制造总局翻译出版的西方自然科学书籍以及傅兰雅主编的《格物汇编》等，意识到自己的知识结构仅仅局限于中国传统学术是不够的。谭嗣同通过刻苦自学掌握了一些科学知识，涵盖数学、物理、化学、光学、生物学和天文地理学，这其中格致和数学是谭嗣同最喜欢的学科。

谭嗣同自身知识结构的改变对他的思想形成起到了至关重要的作用，他的“仁学”思想从而打上了中西兼顾的烙印。如以西方自然科学中的物质概念“以太”来解释“仁”，认为“以太”是世界的本源，使传统仁学思想具有了新的内涵。但是他的“以太”自然观并不是一开始就有的。在接触西学之前，他深受张载、王夫之的“气一元论”唯物思想的影响，在接受了西学后，谭嗣同进一步将“气一元论”发展成为“以太”论，把原来的“气一元论”自然观改造成了“以太论”自然观，从而为他的“仁学”思想建立了世界观基础。