相对于这种激烈的批判意见，东京大学的末木文美士教授的对应则相对温和得多。末木从日本现代思想史的视角对“批判佛教”的积极作用和存在的问题做了分析。在《批判佛教提出的问题》[16]一文中，末木教授对松本教授的“基体说”，袴谷教授的“本觉说”都表示了异议，但与高崎直道等人的全盘否定态度不同，末木更强调“批判佛教”的积极意义。“批判佛教”的学说，特别是袴谷的“批判佛教”是结合对佛教界内部及社会上的不平等问题、权威主义、日本主义[17]的批判而展开的。正是在这个意义上，末木教授认为“批判佛教”的思潮可以说是“迟来的现代主义”、“迟来的左翼”。这里的“迟来的”并不是挪谕而是褒扬。因为在末木教授看来，在某种思潮流行的时代去跟风是容易的，而在“后现代”、“脱左翼”主导日本思想界主流话语的今天提倡现代的批判精神，这是需要勇气的。更何况无论是在曹洞宗还是在当今整个佛教学术界，前现代性确实仍然占据着主导地位。正是基于这种认识，末木教授提醒学界，在对“批判佛教”的个别结论提出批判的同时，应该特别关注“批判佛教”提出的问题。

进入21世纪以后，围绕“批判佛教”日本学界又出现一些新的动向。2001年12月在东京召开的日本佛教研究会第10届研讨会上，松本发表了《关于‘批判佛教’的批判考察》[18]，在再次重申了自己的基本理念之后，特别对自己与袴谷之间的不同做了说明，并对学界把他的思想贴上“批判佛教”的标签表示无奈。其实，松本对袴谷的批判从松本为袴谷的著作《法然与明惠》所写的书评[19]中就已经开始了。一般说来，松本与袴谷在“佛教是批判的”、“如来藏不是佛教”等基本立场上是一致的，但在对佛教史、特别是日本佛教史的批判考察过程中，二人得出的具体结论以及“批判”的方法都有很大不同。袴谷极端个人化的写作风格、逻辑矛盾明显的立论不仅受到松本的“批判”，也受到其他学者的非议。

这次会议以后，就在大多数学者认为“批判佛教”的论争尘埃落定、会慢慢淡出佛教研究界的时候，日本思想史研究专家花野充道教授异军突起。花野充道教授是较早关注日本天台本觉思想的学者，在日本天台本觉思想的文献考证和思想研究两方面皆卓有建树。他在2003年受邀在“批判佛教”的大本营驹泽大学佛教学部发表演讲。正如演讲的题目《本觉思想与本迹思想——兼答本觉思想批判》[20]所表明的，花野主要针对袴谷的本觉思想批判，从基本观点到研究方法做了彻底的反批判。与此同时，花野教授在演讲中也对松本的一些观点做了批驳。这次演讲从内容的丰富性来看，可以说是对“批判佛教”的总清算。当时袴谷教授和松本教授本人也在现场，在演讲结束后，双方还进行了激烈争论。在花野演讲结束后的提问时，袴谷问“什么是正确的佛教”，花野回答，“我只能回答‘我认为什么是正确的佛教’”，而“什么是正确的佛教”的问题只有佛才能回答。这类似禅问答的交锋反映出双方在佛教研究理念和研究方法上的根本对立。

之后，袴谷发表了《佛教思想论争考》、《安然真言宗教时义的本迹思想》，针对花野的批判做了回应。而松本也出版了《佛教思想论（上）》[21]，继续对佛教思想进行批判性考察。2004年11月，在中国人民大学召开了第一届中日佛学会议，中日学者汇聚一堂，围绕“本觉”思想展开激烈交锋。特别是松本教授与花野教授的面对面交锋，将会议气氛推向高潮。2005年6月，龙谷大学的桂绍隆教授应邀在驹泽短期大学佛教学部发表演讲《对袴谷、松本二氏佛教理解的若干异议》[22]。在演讲中，桂氏承袭花野的基本观点，通过对原始佛教的基本概念如“缘起说”的考辨，对松本等的学说再次提出辩驳。桂绍隆是印度哲学和因明学领域的研究专家，他对“批判佛教”的批判虽然不如花野充道那般系统，但由于其在印度学方面的学养和功底，其反驳的力度很大，许多方面也颇中肯綮。

另外，佐佐木闲发表《印度佛教史的新视点——现代佛教学的范式转换是否可能？》[23]，呼应“批判佛教”所提出的问题，从佛教学研究的方法论的角度对“批判佛教”的积极探索给与了评价。而织田显佑关于中国佛教中的“如来藏”思想的一系列考辨，如《起信论的如来藏说与法藏的如来藏缘起宗》、《大乘佛教‘有’的逻辑》、《起信论非中国撰述考》等论文对中国佛教中的“如来藏”说的逻辑发展脉络做了细致分析，指出中国佛教中的“如来藏”说基本上是建立在大乘空观基础上的“有”，与作为实体存在的“阿特鬘”有本质上的不同。织田的文章并不是直接为了反驳“批判佛教”，但在客观上否定了“批判佛教”理论的重要基础。这样，桂绍隆、织田显佑和花野充道三人，分别从印度佛教、中国佛教和日本佛教的研究出发，对“批判佛教”提出的问题做出了回应。

二、关于印度佛教与中国佛教的如来藏概念

织田教授在《关于净影寺慧远‘依持与缘起’的背景》[24]一文中，对最初期的如来藏系经典《胜鬘经》中的“如来藏”进行了分析。织田指出，《胜鬘经》中的如来藏本来是作为如来的存在状态而被描述的，所以正确的表现应该是“众生是如来藏”，其基本含义与《般若经》的“一如”、“空性”及其作为人格表现的“如来”并无二致。而经中之所以表述为“众生有如来藏”是为了强调充满烦恼的、作为“负的存在”的众生本来就是如来。如经中云“世尊，有如来藏故说生死”，就是说承认如来藏之“有”，仅仅是为了言说“生死”的方便。再联系“世间言说有生死，如来藏无生死”，《胜鬘经》的意义就更加明了。即“如来藏”代表的出世间法中没有生死，所以也不能用世间的逻辑去刻画它，只有在“世间言说”系统，即我们的日常言语系统才说“有”生死。但一般众生都是依照世间的逻辑理解世界，所以本来作为出世间法的“如来藏”一旦进入日常语言系统就容易被名词化，被误解为有实际指称对象的概念。