元代的统治者崇尚藏传佛教，但对汉地佛教也采取保护政策。佛教中的禅、律宗等继续流传、发展，寺院林立，僧尼21.3万人，中央和地方设有严密的僧官制度，加以监督，颁行了《敕修百丈清规》，雕印了著名的普宁寺版的大藏经。
明万历以后，祩宏、真可、德清、智旭四大家出，进一步发展了对内融会禅、教、律等宗学说，对外融通儒、释、道三家的风气，所以深受士大夫的欢迎和一般平民的信仰，并使佛教更加具有中国的特色。
清初皇室崇奉藏传佛教，对汉地佛教采取限制政策。康熙时禁令稍弛，迎清明末隐居山林的高僧重返京师，使已经衰微的佛教一时又吴现出活跃的气象。雍正虽重视藏传佛教，但主张儒佛道异用而同体，并行不悖，提供佛教各派融合。他亲制《拣魔辨异录》、《御选语录》，提供不问宗派异同，都应念佛，对近世佛教有重要影响。乾隆时刊行《龙藏》，并编辑《汉满蒙藏四体合譬大藏全咒》，对佛教的发展起了一定推动作用。清末以来，杨文会、欧阳竞无等在日本和西欧佛学研究的推动下，创办刻经处、佛学院、佛学会等，为佛教义学的研究开辟了一个新的时期。中国近代思想家如康有为、谭嗣同、章太炎、梁启超等都受过佛学的影响。佛学思想曾是谭嗣同所建立的《仁学》体系的思想渊源之一。此外，一批名僧如月霞、谛闲、圆瑛、太虚、弘一等也都奋起从事振兴、弘扬佛教的工作，使佛教产生了新的气象。