公元7世纪，佛教进入西藏与当地原始宗教——苯教长期斗争融合，逐渐形成了藏传佛教。

公元8世纪天竺僧人寂护和莲花生入藏，分别传播显、密两系佛教，为教派传承播下种子。10世纪后期，在吐蕃新兴地方领主扶持下，佛教开始复兴，并在11世纪中后期根据各自持有的教理和修持方法相继出现了宁玛、萨迦、葛举、格鲁、希解、觉宇、觉囊、郭扎、夏鲁等数十个教派。此后，一些小教派先后融入其他教派或被迫改宗其他教派，慢慢消失于历史长河之中，其中影响较大的共有五个教派。

宁玛派

形成于公元11世纪，是藏传佛教形成最早的教派，以密宗修习为主，因该派宣扬遵从先弘时期的法统，重视佛教徒匿藏的经典，所有称为“宁玛”（藏语意为“古旧”）。僧人戴红色僧帽，又俗称为“红教”。宁玛派创始人是素.释迦炯乃，建有邬巴隆寺，康区宁玛派代表寺院为噶托寺和白玉寺。

噶当派

创建于公元11世纪中期，奠基人为显宗大师阿底峡，主持热振寺。主导思想是用“佛的教诲”来指导凡人接受佛理（藏语“噶”指佛语，“当”指教授），曾经对藏传佛教各派产生深远影响。格鲁派就是在噶当派基础上建立起来的，原噶当派僧人和寺院相继改宗格鲁派后，该教派逐渐消失。

萨迦派

创始人昆.贡却杰布于1073年在后藏萨迦地区建寺传教，史称萨迦派，又因寺院墙壁上涂有鲜艳的红、白、灰三色条纹（代表观音、文殊、金刚手菩萨），故称“花教”。该派以修习“新密咒”为特点。萨迦五祖八思巴被元朝皇帝册封为“国师”，因在元朝的藏传佛教中占有统治地位。康定的塔公寺和玉树的结古寺是康区的萨迦派代表寺院。值得一提的，还有萨迦派于公元1550年在四川德格更庆寺设立了藏区及其著名的德格印经院。

噶举派

创立于11世纪，重视密宗修习，以口耳相传的密法修行为特点，故名噶举（举在藏语中有口耳相传之意）。因该教派创始人玛尔巴和米拉曰巴在修法时都穿白色僧服，故也有“白教”之称。该派的另一个特点是分支众多，分布最广，常常控有地方势力。昌都类乌齐的查杰玛大殿是噶举派的主寺之一，另外贡嘎寺也是著名的噶举派寺庙。

格鲁派

公元1409年臧历正月，宗教改革家宗咯巴在拉萨大昭寺发起祈愿大会后建起甘丹寺，以严守戒律为主导思想的“格鲁派”（格鲁藏语意为善律）诞生了。它虽然是五大教派中创立最晚的一个，却因严谨守律而改善了僧众留给信徒的不良印象，得以迅速取代其他教派的地位。宗咯巴及其弟子穿戴黄色僧帽，于是有了广为人知的“黄教”。格鲁派有哲蚌寺，色拉寺、扎什伦布寺、塔尔寺、拉卜楞寺、甘丹寺等六大寺院，康区比较有名的格鲁派寺院为理塘寺和石渠的色须寺。