色拉扎琼显密菩提寺，坐落于美丽富饶的四川省甘孜州新龙县境内三大神山之一的香底斯诺神山之巅，按照藏传佛教宁玛派（红教）的说法，此神山是秘密主金刚手菩萨所化现，而雍仲苯教的大师则认为此山是协庆?6?1松瓦底巴大士所化现的神山（协庆?6?1松瓦底巴大师和金刚手菩萨是无一而别的）——是西藏十二大神山之一，在整个藏传佛教中占有着很重要的地位，是藏传佛教六大教派公认的殊胜圣地。根据经书上的记载：在须弥山下四大部洲之一的南瞻部洲的北面，有最著名的六大神山和四大江河， 庄严而神圣的香吉思诺神山就屹立在长江支流之一雅龙江的江边，据经书所说此山的名字为“香底斯诺”，“香底”的意思是能以非常殊胜的大神通力护持众生消除众生的业障救拔众生的苦难；“斯诺”的意思是指此山自然资源非常丰富。由此可见此山不仅有悠久的历史，其在藏传佛教中的地位也是不可替代的。根据新龙县县志记载：按照地理位置的划分整个新龙县被分为上中下三部；藏传佛教宁玛派（红教）著名伏藏大师卓普多罗仁波切主持的寺院所在的卡瓦洛日神山即坐落在新龙上部，宁玛派晋美彭措法王前世的伏藏大师列绕朗巴仁波切以及宁玛派著名虹身成就者白玛邓灯仁波切三位大士闭关住锡的雄龙扎呷神山坐落在新龙中部，而香底斯诺神山则坐落在新龙下部。
　　一百多年前色拉阔布仓第29代法主殊胜法王如意宝，色拉班智达，扎顿巴?6?1噶桑?6?1丹巴将参大师鉴于此神山悠久的历史和在藏传佛教界不可替代的地位以及殊胜的缘起，为了后世众生的福祉， 在神山之上兴建了“色拉扎琼菩提显密讲修五明佛学院”，树大法幢，击大法鼓，阐扬正教，化育贤者。其佛学院之名实是大有深义，“色拉”乃色拉阔布仓，“扎琼”是佛学院所在之处的地名，“扎”即是扎顿巴大师身口意三密摄受之地的意思，“琼”意为大鹏金翅鸟住锡之地，“菩提”乃是希望在此修学的行者，最后皆能证得三身圆满佛位，显密意为不偏显密不分教派的广学多闻真修实证，“讲修”的意思是说要不偏不倚的将理论和实践相结合，“五明”则是指内明，因明，声明，工巧明，医方明五种学问要圆融掌握。由此可见其意义是广如天空，深如大海啊！扎顿巴大师先后在此启建了色拉寺和能容纳几千人的大经堂，而后又从印度，尼泊尔，拉萨等地迎请了700多尊古老的佛像，安放在经堂之中，并且在经堂里建造了7个八米高的由纯金所造其上镶嵌了很多珍宝的尊胜佛塔，另外经堂里还安放了10000多部以宁玛派、格鲁派（黄教）雍仲苯教为主的有着800多年历史的古老经文。如此庄严宏大的经堂当时在新龙县乃至甘孜州也是不多见的。其后扎顿巴大师又分别兴建了烟供佛塔、吉祥佛塔、祈愿佛塔以及僧寮，当时佛学院的弟子遍布云南、青海、甘肃、甘孜、道孚、炉霍、新龙、色达、阿里、石渠、丹巴、嘉绒、九龙、阿坝、拉萨、理塘、九寨沟、德格、昌都、日喀则等地区，现在的阿坝朵登寺寺主泽日清第三世转世活佛丹贝尼玛仁波切，新龙县益西寺前任寺主阿雍仁波切，都是当时佛学院的学员，也是扎顿巴大师主要弟子之一（由于语言和文字的障碍，很多学院的详细情况还没有整理完毕，以后将陆续增补）由于学员太多以致最后出现了僧多房少的状况，甚至有很多学员自己出资修建寮房，可见当时学院是多么的兴盛啊！但是世事无常，任何事物都逃脱不了成住坏空的定律，我们的佛学院也不例外，在十年动乱期间佛学院也不可幸免的遭遇到了一场空前的浩劫，大殿和经堂里的古老佛像、法器、金塔，全部被洗劫一空，有些拿不走的镏金的大佛像被人将身上的金子刮掉以后推下万丈悬崖，后来被藏民偷偷的集中到一处埋藏了起来。至于对那些贪财好利之徒没有什么经济价值的古老经书，以及空空如也的大殿和经堂则任由风吹雨打，时间久了经堂和大殿就慢慢的垮掉了，只剩下了如今的残墙断壁还屹立在神山之上，而那些古老的经书则腐烂的无影踪了。据统计色拉阔布仓所管辖的佛学院以及三座寺院文革期间损失的佛像、法器、经书、珍宝、古董等价值约亿元人民币，在那段暗劫时期色拉阔布仓经历了太多的苦难，以扎顿巴大师为首的三大顶严导师以及两位大圆满殊胜空行母也在那时相继圆寂，曾经人丁兴旺的色拉家族在那时只剩下年龄只有16岁的色拉第三十代法主?6?1拥仲旺江法王，新龙县著名伏藏大师，松阿林巴大师身口意三大化身的意业殊胜化身和法身普贤王如来的忿怒相嘿汝嘎的的真实化身）和年仅4岁的色拉?6?1嘎绒扎巴仁波切（拥仲旺江法王是嘎绒扎巴仁波切的舅舅），从那时起嘎绒扎巴法王便跟随在拥仲旺江法王身边直至法王圆寂。
　　所谓分久必合，合久必分，终于春雷乍响，万物复苏，云翳散去，阳光普照，关于恢复宗教政策的文件很快就下达到了新龙县，在拥仲旺江法王的发起下简单的修建了色拉家族所掌管的三大寺之一的冷布如意塔灯寺，直到2006年才较全面的重修了冷布寺。而色拉寺佛学院则一直没有条件重建。看着日益风化的色拉寺佛学院残垣，嘎绒扎巴法王和阿西仁波切都非常痛心，无奈苦无资金，也只好暂时作罢，留待机缘成熟之时再作打算，只是修建了一个用作闭关之用的木屋。直至1999年雍仲旺江法王圆寂，圆寂前将色拉阔布仓交托给嘎绒扎巴仁波切，并授予仁波切色拉第三十一代法主之位，法王在弥留之际嘱托仁波切一定要为了后世众生的福祉，重建并兴盛色拉寺佛学院。从那以后嘎绒扎巴法王和阿西仁波切便为了恢复重建色拉扎琼菩提显密讲修五明佛学院而不辞辛劳，四处奔走，其间也得到了十方善信大德的鼎力支持。嘎绒扎巴法王和阿西仁波切于2005年通过县政府的帮助将神山山顶圣湖之水引致佛学院附近（以前佛学院的僧人都要花三个小时的时间到半山腰去背水）。由2006年开始在以前佛学院大殿遗址的旁边修建了新的三层色拉寺大殿，现今已修好三层。同时又修建了十数间僧寮和闭关房。从2007年开始直到2009年由政府出资自山下修建了一条直通佛学院的公路（以前由于没有公路所以汽车上不去，到佛学院只能骑马或走路）公路完成后政府为寺院通电。（以前一直是靠蜡烛或小型太阳能蓄电池照明）现今佛学院急需恢复的建筑还有尊胜大经堂，准备在以前的色拉扎琼寺遗址上修建的觉姆（尼姑）经堂，镇魔佛塔，三个吉祥佛塔，烟供佛塔，虎普火燃佛佛塔以及僧寮和闭关中心。虽然工程庞大，资金紧缺，但是我们全体四众弟子有责任，有决心，有把握，在不久的将来把一个历史悠久、传承清净、法缘殊胜的顶严圣地呈现给大家!!!　　　
　　祈愿：色拉扎琼圆满殊胜洲，浊世众生依怙之圣地，教证法光普摄十法界，一切含识皆证解脱位。